Zebulon стал городом в 1959 году после основания Research Triangle Park находящегося на между городами Raleigh и Durham

В 1906 компания Raleigh and Pamlico Sound Railroad решила провести железную дорогу фермы Whitley and Horton и была основана компания Zebulon для реализации этого подряда.

16 февраля 1907 город был официально признан как Zebulon, Северная Каролина. Город был назван в честь Zebulon Baird Vance, Губернатора Северной Каролины в течение американской Гражданской Войны.

В Зебалоне есть 3 места занесенные в Национальный Регистр Исторических мест: Wakelon School, Bennett Bunn Plantation и George and Neva Barbee House.